Η Ελένη Παπαχριστοπούλου άρχισε θέατρο συμμετέχοντας στο Φοιτητικό Θέατρο Θεσσαλονίκης (1971) που είχε δημιουργηθεί από το Ζήσο Χαρατσάρη.  Μεταξύ των μελών της ομάδας ήταν και ο Νικόλας Άσιμος. Το 1983-1985 φοίτησε στη δραματική σχολή «Περίακτος» του Β. Ρίτσου. Το 1985-1988 και 1990-94 έκανε θεατρικές σπουδές στο Πανεπιστήμιο της Νέας Σορβόννης Paris III (Maitrise, D.E.A, διδακτορικό που δεν ολοκλήρωσε στρεφόμενη στην υποκριτική) στο Παρίσι. Στο θέατρο έπαιξε με την Εταιρεία Θεάτρου Δικαιόπολις (1983-1987) στην οποία υπήρξε και ιδρυτικό μέλος, με το Καλλιτεχνικό Σωματείο Πεδίο που δημιούργησαν με το Γιάννη Σταματίου (1994-2001) και, τέλος, στο θέατρο Εκστάν (2009) όπου και εγκαταστάθηκαν. Έχει πρωταγωνιστήσει σ’ όλες σχεδόν τις παραγωγές του. Για την ερμηνεία της στον ρόλο της  ως Σεμίραμις Στις Καρέκλες της απονεμήθηκε το Βραβείο Ερμηνείας 2018 από την Ένωση Ελλήνων Κριτικών Θεάτρου.